Si el ordenador no esta haciendo nada es mejor apagarlo. Eso es una regla aplicable a cualquier aparato eléctrico. Y si esta haciendo algo, no apagarlo.
A la mayoría de los ordenadores actuales, sobre todo si son de cierta calidad, no les pasa nada por estar encendidos de manera contínua. Nosotros tenemos varios ordenadores normales de usuario (no servidores ni equipos de alta disponibilidad, que tambien tenemos) efectuando tareas de servidor que llevan encendidos varios años seguidos. Siempre van a tener una probabilidad de error superior a un equipo que se apaga y enciende para ser usado, pero no es significativa la diferencia. Qué mas da que tengamos un 5% de averias anual en equipos de uso en jornada de trabajo o un 8% en equipos encendidos 24x7 de manera continua.
La hibernación es una alternativa mejor ya que el equipo tecnicamente esta apagado, sólo que reduce el tiempo de arranque porque dispone de un proceso distinto, y mas rápido, al arranque en frio para la puesta en marcha. Si no te da problemas de sincronización con otros aparatos esa manera de arrancar, es conveniente usarla.
Mas o menos.