Es correcto aunque el certificado médico no tiene nada que ver con la armería. En la armería te harán el seguro ó licencia federativa que también es obligatorio para conseguir la licencia. El certificado médico debes comprarlo en la farmacia (vale 3€ y pico) y llevarlo a la clínica como te han dicho para que te lo rellenen después de hacerte alguna prueba, suelen cobrar de 20 a 40€, y en el texto deberá aparecer algo como "fulanito es apto para realizar la pesca submarina a pulmón libre".
Una vez tengas el citado seguro y el certificado médico relleno debes entregarlos en la junta además de pagar una tasa (algo menos de 10€, puedes hacerlo por internet o pagarlo en mano en cualquier banco).
Espero que te sirva.
Un saludo