El Jdownloader es bastante fácil de usar, basta con poner el link en cuestión. Luego hay direcciones que te piden que aceptes unas cosas, le das a YES o SI y listo.
Si te sale el link en rojo es que el enlace está caído. Y no sé que más decir para un manejo básico, si tienes cuenta premium de algo la puedes añadir en opciones.
Si los enlaces son de Mega te recomiendo Megadownloader para bajar.
Otra alternativa bastante buena a Jdownloader es mipony