Puedes hacer los trámites donde quieras. Te hace falta un contrato de compraventa (privado vale) un par de fotocopias de DNI (de ambas partes), pagar las tasas en la consejería de hacienda de tu comunidad (un tanto del valor que le pongas a la lancha), pagar las tasas del ministerio de fomento (esto es poco) y entregarlo todo en la capitanía marítima que tengas a mano. Si la embarcación es de otra capitanía les van a remitir la documentación allá para que cambien el titular en la hoja de asiento, luego si quieres te remiten la documentación ya a tu nombre por correo a tu domicilio. Depende un poco del curre que tengan pero a mi en Coruña me lo mandaron a Gijón y a la semana ya estaba en el buzón.
De todas formas como te quedas con los originales a nombre del vendedor puedes usar la embarcación mientras.
Espero haberte ayudado.