Lo de los vídeos que se ven a frames, según dices solo son algunos con lo que dudo que sea causa del PC, mas bien yo creo que es problema de la cámara y no crea la pelicula con unos frames/sg constantes, lo que hace que el reproductor de windows se pierda.
Aveces, se puede soluccionar si algun compresor te acepta la pelicula recomprimiendola. Y, si, se pierde calidad, pero no olvides que tu pelicula ya esta comprimida, y ya ha perdido calidad. Si le pones un tamaño final igual o algo superior que el original, dudo que se pueda percibir ninguna perdida de calidad.
De todos modos, en una camara que se supone de calidad no deberia tener esos problemas. Yo probaria una buena targeta, y si sigues con problemas lo comentaria al servicio tecnico, si aun esta en garantia........