Bueno, ya lo tengo solucionado. Por si a alguien más le pasa, ya sé cómo abrir los GPX de la HDS con el Mapsource (independientemente de la versión).
Si a alguien le pasa que Mapsource le da un error al abrir el GPX porque no tiene un formato válido, lo que tiene que hacer es abrir el fichero .GPX con el Wordpad y eliminar todos los carácteres con tilde. En mi caso, se ve que tenía un WP cogido desde MapSource con una descripción que ponía "Cable Aéreo". Quitando la tilde de la "é" se arregla el problema.
Para el tema de la actualización de SW, he vuelto a la antigua y todo marcha bien. Jamacuco, si por casualidad se la pones a alguna HDS GEN2 y no te da los problemas que a mí, por favor, dímelo que lo vuelvo a probar.