Si, aqui hay muchas regulaciones, hay unas que son Federales, y otras estatales, las federales son las mismas que hay en todos los EU, y las estatales, son las que pone el gobierno de PR.
Pero, a pesar de que hay distintas formas de inscribir tu embarcacion de acuerdo al uso que le vayas a dar, no te limitan de ninguna forma la libertad de ir donde quieras, mas bien si sales de las aguas territoriales, tienen que pagar en el lugar donde estes, y luego al regresar tienes que hacer aduanas.
Con un permiso publico, de embarcacion privada, el mas sencillo, y mientras tengas todas las especificaciones y requisitos al dia, puedes ir donde quieras, el limite es el combustible, y que tan arriesgado seas.
Donde fui a pescar, en el viajecito, las leyes son muy parecidas a las que te comentan de Panama, pero las leyes en esos lugares si estan vigentes, es solo que mientras no te atrapen no tienes problemas, pero si te atrapan sin los debidos permisos, iras a carcel, perderas el bote, ect.