mmmm... no tengo ni pajolera de motores de barca, pero dudo que sea solamente la centralita, si bien puede haber 1000 euros de diferencia, y cambiarle la centralita cueste esos 1000 euros, ya tenías una centralita antes, y por otra parte aunque te la regalaran, simplemente por conectarla un tio "de la casa" te empalmarían 100 euros minimo.
La centralita en realidad es una chorrada y son todas iguales, pero con distintos parámetros, gestionando las inyecciones en función de otros parámetros de entrada, digo inyecciones porque a pesar de hablar motores atmosféricos, los rendimientos cambian si solo se hace una inyección para cada ciclo y si se hacen "microinyecciones" en distintas fases del ciclo, al igual que varía el rendimiento en función de las bujias (ojo a las bujias laser que en un par de años tendremos, y que permitirán una combustión con una expansión más simétrica y más precisa en el tiempo), o como también influye la calidad de la gasolina.
El tema de piezas iguales con referencias distintas, eso si se quiere ver huele mucho a que es por algo. Por ejemplo, los motores audi y seat son iguales, y las piezas son iguales, pero unas se fabrican con un tipo de aleacción con un coste y unas propiedades, y las otras se fabrican con otra aleacción, más barata, y pensada para un ciclo de vida más corto (que irá acorde con el resto de ciclos de la máquina diseñada).. Esto es una cuestión de calidad, imagen de los coches al largo del tiempo, que aporta un prestigio... por tanto al final, pagas el nombre en moneda de calidad aunque a veces para tu uso concreto igual era suficiente..
Con lo que decís del cambio de potencia, lo mismo, pueden ser las mismas piezas, pero como estarán sometidas de promedio a esfuerzos mayores, para un ciclo de vida similar al del otro motor, se debe realizar con un material de unas características superiores, a veces hasta puede ser la misma aleacción pero con ciertos tratamientos térmicos, superficiales o de otro tipo, cosas que de ser innecesarias encarecen tontamente.
Por tanto, de todo lo dicho, parte será marketing comercial, pero de la parte de dinero que se destine a "cosas materiales", la menor parte irá sobre la centralita, ya que será el mismo chip que en el otro, pero con distintos parámetros, el bloque efectivamente no debe ser necesario cambiarlo, pero cosas como cigueñales, bielas, pistones, casquillos, válvulas e inyectores, es posible que tengan alguna variación. Al menos así es lógico que sea..
Por otra parte no tiene lógica que se tomen la molestia de referenciar algunos productos distinto, ya que si te lo compras el grande, ya pagas la diferencia, y si compras el pequeño con idea de convertirlo, suponiendo que las referencias fuesen todas iguales, y que solo cambiase la centralita, ya te ivan a cobrar la diferencia en la centralita, asique para ellos no aporta nada de beneficio, y además que solo sea en algunas cosas.... a mi me parece que es un poco "no querer verlo". Otra cosa es que decidas correr el riesgo, ya que no le vas a exigir eso al motor, que solo será para algún momento en concreto para pedirle algo de brio, pero que normalmente será de un uso moderado y por tanto esa sobrepotencia en realidad no la vas a utilizar de una forma significativa sobre el ciclo de vida máximo que antes tenía, pero si se debe ser consciente, que de todo el conjunto, esa parte queda desaparejada, haciendo de "limitante" en mayor o menor medida. Quizá lo más relevante, las partes que no estén diseñadas como de mantenimiento relativamente normal, como el cigüeñal, las bielas y las válvulas, las camisas y pistones-aros hasta cierto punto y dependiendo de los motores (en 2 tiempos sobre todo) son pensadas como partes de mantenimiento.