Ahora, la fuerza entre dos presiones no se mide de forma relativa, sino linealmente, es decir P1-P2. En esos casos tu comparación pasa:
(x+1)-(y+1) = x-y  
lo cual sí se cumple. 
    
x e y no son presión interna y externa, sino que de por si son diferencia de presiones interna y externa. Lo que busco no es la diferencia neta de  presiones, sino ver que porcentaje de fuerza, y por tanto de aceleración tiene la varilla en tal caso respecto al caso convencional de superficie,  ya que la diferencia neta en si no sirve para dar una idea de la magnitud de la variación.  Como ves, lo que es la diferencia de presiones interna-externa (x e y) son por diferencia de presiones como bien decias tu.  La operación concreta era esta:
 // x=20-26*0,38 // y=20-1*0,38 // 1=cte= -1+1*0,38   
 
(20 - 26*0,38)/(20 -1*0,38)= (20-1 -26*0,38+1*0,38)/20-1 -1*0,38  +1*0,38   
(20 -26*valor)/(20-1*valor) = (19 -25*valor + cte)/19 + cte   
//si cte=0 es indiferente aplicar la presión atmosférica o no, para eso valor tiene que ser =1, y por tanto esto solo pasa en fusiles no estancos.
que es como  
p.efectiva.fondo./p.efectiva.sup  =  p.efectiva.figurada.fondo/p.efectiva.figurada.sup.
digo figurada refiriéndome sin contemplar la la presión atmósferica ni en superficie ni en el fondo.
Lo que pretendía indicar es que o se aplica la presión atmósferica o no, si la aplicas al cálculo de fondo, aplicarlo también en superficie, sinó la relación sale mal, pero lo segundo que pretendía indicar, es lo propio de esa desigualdad es que para fusiles estancos es imprescindible aplicar la presión atmosférica, ya que sinó los cálculos son erróneos, debido a que se hace una simplificación imposible. Es decir, para fusiles no estancos la cte=0, entonces las expresiones son iguales y es indistinto considerarla o no, siempre que, si se considera  arriba o abajo o fuera o dentro, se aplique en todos los sitios igual.
Por otro lado, el tema de las presiones, si que es cierto que la presión manométrica es a mayores sobre la presión atmósferica, lo que pasa que para no andar con vueltas de si aplicar la presión atmosférica o no, calculé en presiones absolutas (aplicando la atmosférica, ya que funciona siempre), peero es cierto que al hablar de 20 bares, se puede pensar que son los 20 bares que marca el manómetro, pero en realidad es caso de cuando el manómetro marca 19bares. 
Por lo demás los cálculos creo que siguen siendo correctos, y el apartado de ponerse puntilloso  ::), creo que es igualmente aplicable, es decir, con 19bares manométricos(20absolutos), la presión efectiva es de 19,62atm en el caso de la varilla de 8mm (nótese que la presión efectiva en fusiles estancos en superficie es mayor que la presión manométrica). Este valor de presión efectiva incluso es algo mayor debido a las consideraciones de la segunda parte de El puntillosismo  :D ya que en la parte estanca del cañón se ejerce una presión inferior a la atmosférica sobre todo el area restante, y que por tanto favorece a la salida de la varilla, o lo que es lo mismo favorece la efectividad, que como ya decía, es una constante, no varía con la profundindad ni nada, y realmente es poco relevante (pero esta ahí  :D)
 A la que sumas 1 atm a todas las partes (gas tras el piston, gas en el compartimento estanco (esta presión será inferior a la atmósferica), agua) el resultado es el mismo. 
    
Esto no es cierto, porque la cuestión de todo esto es justo eso, que aunque sumas la misma presión a todas las partes, no trabajan sobre la misma area, ese es el meollo del tema de los fusiles estancos, la diferencia de la relación de areas y presiones del pistón.